Voy a ver si puedo contestarte a todo lo que me preguntas sin hacerme un lío monumental
Dices que la última foto la ves oscura. Puede que no tengas bien calibrado el monitor, o que yo lo tenga mal calibrado. En cualquier caso te pongo este enlace donde dice como calibrar el monitor (si no lo has hecho ya). Es para monitores antiguos pero sirve para los modernos. Yo lo he hecho y va muy bien:
http://www.hugorodriguez.com/calibracio ... _v2_01.htmLos bordes negros o con gradientes extraños por un mal seguimiento los quito con crop sin más. No toco ninguna opción (me conozco y sé de lo que soy capaz, por eso no toco nada

del crop)
Comentas "Eso si lo hago, hago autoclip y lo aplico. Hago un Reset y después cojo los valores de la mediana que salen en estadísticas y los pongo en el histograma. Luego el valor de RGB a 0,875" Perfecto. Yo hago lo mismo pero me salto el paso de poner RGB/K a 0,875 porque me suele ir mal al perder ruido junto a zonas muy tenues de los objetos fotografiados. Eso lo dejo para más adelante.
Si no sabes aplicar recorte de sombras verás que es muy sencillo. Por cada canal sigo el siguiente procedimiento: Arrastro el triangulito de la izquierda hacia la derecha hasta que está justo donde empieza a subir la curva del histograma por la izquierda. Así me aseguro de que el punto más negro de la imagen coincide con el punto más bajo de la curva del histograma. Valores más a la izquierda suelen ser prácticamente ruido de fondo que no nos sirve para nada.
Sobre los Flats, se supone que cuando se aplican ya no es necesario hacer DBE. Pero si aún después de seguir los pasos anteriores tienes gradientes extraños de luminosidad o color en el fondo de la fotografía, no queda otra que aplicar DBE.
Después vuelves a referirte al recorte de sombras. Ya te lo he explicado más arriba.
Te subo la imagen tal como la he procesado y pongo esquemáticamente los pasos seguidos para no hacer un post eterno (si quieres saber más me lo dices y te mando un peazo post en un privado, para no hacer el mensaje de aquí larguísimo):

No he podido hacerlo mejor

Pasos seguidos:
1 Crop para eliminar negros.
2 Autoclip tal cual, sin tocar nada más.
3 Equilibrado de tonos medios por canal con ayuda de Statiscs.
4 Recorte de sombras por canal (como he explicado arriba)
5 Corrección del fondo con DBE (había un gradiente extraño en los bordes de la imagen).
6 Eliminación del ruido de gran escala con SBGNR (protegiendo la galaxia y estrellas con una máscara de luminancia invertida)
7 Recorte de sombras por canal.
8 Subida de los tonos medios en RGB/K hasta hacer que la curva del canal que sea más alta (en este caso la del canal verde) , coincida en su punto más alto con la línea vertical que marca la octava parte del histograma (cada uno lo puede ajustar según sus gustos).
9 Wavelets para destacar la galaxia sin saturar demasiado las estrellas (esto suele salirme bastante regular).
10 Saturación con la herramienta curves (la S de saturación). Me encanta saturar

.
Por enésima vez disculpas por este pedazo de post. Espero que te haya aclarado más las cosas. Ojo, M101 es mayoritariamente azulada, aunque haya dejado el fondo del cielo algo azul.
Y ten encuenta que aún estoy aprendiendo, llevo muy pocos años en esto y empecé desde cero.

Otros sabrán mucho más que yo de procesado.
Un cordial saludo. Si tienes más dudas me comentas.
<a Si alguien está en desacuerdo contigo, déjalo vivir. No encontrarás a nadie parecido en cien mil millones de galaxias. Carl Sagan</a>