Estupenda Manel

Respecto de los problemas de alineado, supongo que no has utilizado el script MosaicByCoordinates. Esta imagen es precisamente el caso para el que diseñé el script. Te recomiendo que le eches un vistazo a la documentación (en inglés). Te explica todo el proceso de alineado.
La última versión para Linux y Windows lleva una versión mejorada del script. Es capaz de corregir las distorsiones geométricas de las imágenes mediante un sistema bastante robusto.
Cualquier duda que tengas pregúntamela. Me interesa conocer donde la gente tiene problemas para mejorar el script o la documentación.
Saludos,
Andrés