He colgado en mi blog una comparativa de esos dos programas a la hora de apilar imágenes de cielo profundo. Como está en catalán también os lo cuelgo aquí. He intentado hacerlo lo más simple posible. Como son dos programas que tengo y uso, tenia la curiosidad de compararlos, y de paso os transmito mis conclusiones:
http://www.astrosurf.com/pruneda/blog/2 ... maxim.html
Apilado de imágenes: DeepSkyStacker o Maxim DL 5?
Siempre a la hora de hacer un proceso concreto surge la duda de cuál es el mejor programa que se puede usar, y más actualmente en que hay una enorme variedad de software, también en el mundo astronómico. En este caso he querido comparar dos programas bastante diferentes pero que tienen la opción de apilar o promediar imágenes, sobre todo de cielo profundo (es decir, imágenes con gran peso).
Presentaciones
El Deep Sky Stacker es un programa gratuito (http://deepskystacker.free.fr) y lo podemos poner en varios idiomas, entre ellos castellano y catalán (de hecho yo he hecho la traducción al catalán). Se trata de un programa específico para el promediado de imágenes. Una vez instalado simplemente hace falta seleccionar las imágenes, los posibles darks, flats y bias de calibración y dar a la opción Registrar imágenes seleccionadas. No entraré en las diferentes opciones del programa en este mensaje, esto lo dejo por otra ocasión. La imagen resultante se puede guardar en FITS, TIFF, JPG o BMP para su posterior procesado con programas como Pixinsight, Photoshop o Maxim DL.

El otra programa es el Maxim DL Pro 5 (http://www.cyanogen.como). Es un programa mutlitarea, de hecho se puede gestionar el telescopio, la cámara, el autoguiado, el apilado y el procesado de las fotos, todo en uno. Es de pago, y no precisamente barato! De todos modos internet aporta soluciones al respeto. También corre por internet la versión 4, y la Essentials, diseñada para controlar las cámaras Orion Starshoot. Aun cuando no las he testeado por el propósito que nos afecta, imagino que son bastante similares en funcionamiento y resultado. El programa sólo está en inglés y también ofrece múltiples formatos a la hora de guardar los resultados.

Situación
He tratado de promediar 10 imágenes de 5 minutos de la nebulosa California NGC 1499, capturadas el pasado 26 de noviembre con un Takahashi FSQ y la cámara Orion Starshoot Pro. No he usado ni darks ni flats, justamente para poder ver qué hace cada programa con las imágenes en bruto.
DSS. Se cargan las imágenes, seleccionamos las que queramos (o todas si ya las hemos elegido) y damos a Registrar imágenes seleccionadas. En el método, yo he elegido el Kappa sigma clipping con los valores por defecto. También he hecho otras pruebas con la Media (Average) con similares resultados. También selecciono al opción Sumar tras registrar, así es más automático. El proceso es relativamente rápido, con 2-4 minutos podemos tener todas las fotos apiladas según la cantidad que tengamos. Este programa a veces hace cosas extrañas y el resultado es todo blanco. En las últimas versiones no me he encontrado ninguna vez con esta situación.
Maxim DL. Aquí hace falta abrir la opción Pocess - Stack. Nos obre un seguido de pestañas que hace falta seguir de izquierdo a derecha: seleccionar las imágenes con Add files.... Posteriormente seleccionar el método de apilado en Align . Yo he seleccionado el método de Auto - star matching pero con otras también se obtiene el mismo resultado. Finalmente a la opción Combine hago click a Go . Una vez hecho (necesita bastanta memoria, más todavía si trabajamos con TIFF, yo he trabajado con FITS) nos aparece una imagen con un calibrado automático. Hace falta, al guardar la imagen, vigilar el Stretch, puesto que si no lo hacemos la imagen resultante puede quedar ser completamente negra.
Resultados
DSS:

Maxim:

Conclusiones
El resultado tras haber estirado los histogramas por igual es casi idéntico en los dos casos,aparte de un fondo más claro en el Maxim no puedo ver diferencias (si alguien las ve que me lo haga saber!). Por lo tanto que cada cual use el que quiera! Pero teniendo en cuenta que el DSS es gratuito, que se actualiza periódicamente y que lo encuentro más sencillo de usar, es el que recomendaría.