A) A los flats les mete un autodark y por tanto quedan muy oscuros y marrones. Este es de 2 segundos de exposición cubriendo el teles con una camiseta blanca y apuntado directamente a una bombilla del cuarto:

Si dejo la cámara en Av me saca una toma negra de 1/800 de tiempo de exposición.
B) Efectivamente, la mejora es escasa cuando apilas con los darks que tú generas y los Bias.
C) No sé si es debido a todo esto o a qué, pero si apilo las DNG me pierde toda la señal de la galaxia y solo me mantiene cuatro estrellas de toda la foto, aunque solo calibre con los flats y no con todo el set. Si apilo los JPG (estoy haciendo pruebas generando RAWs+JPG de cada imagen) sí que entonces no me pierde la señal y se ve algo de lo que quiero sacar pero, claro, el ruido es también mucho más visible.
Creo que esta noche haré otra prueba pero ya sin darks ni bias y solo lights y flats tirándole o a la misma o a algo más brillante pero bajándole el ISO a 800 y viendo si la montura sin guiado me llega a los 120 segundos (no lo creo con mi focal de 1500). E intentaré tirarle un mínimo de 30 tomas a ver si consigo sacar algo.
Sé que M51 no es quizás el mejor objeto para este tipo de pruebas pero quería algo a lo que le pudiera tirar sin filtro (+45º) y que fuera más tenue para evaluar mejor las posibilidades. Si se os ocurre algo mejor será bienvenido.