ciberdraco, mi impresión:
1º.- Nandorroloco te ha dado muy buenos consejos.
2º- Como ya te han dicho, si no pasas las tomas al ordenador y las ves en grandote y ya de paso te ayudas de algún soft para analizar el enfoque de alguna estrella que marques como referencia (como el MaximDL), el que te quede enfocado será por puro azar.
3º.- A mi también me da la sensación de descolimado, osea que el eje óptico no coincide con el centro del CCD, porque las zonas mas luminosas de las estrellas en las 4 esquinas no apuntan hacia el centro de la imagen, sino mas arriba.
4º.- Me parece, y solo es una impresión, que el stub del C6s no es tan generoso como para admitir el tamaño del sensor de la 350. Yo por eso pasé al C8s.
No obstante, de eso te podrás dar cuenta cuando enfoque correctamente, sobre todo lo verás en las tomas de flats, donde el centroide mas luminoso debiera estar en el centro de las tomas.
Para las tomas dark, usa muchas mas, si puedes 11 o mas. Las bias te las puedes ahorrar si tiras los darks a la misma duración que las de luz y por supuesto a la misma temperatura. Para los flats, como son tomas muy rápidas, usa 25 o mas.
Date cuenta que en las operaciones matemáticas, el ruido del resultado será el de la suma de todos los componentes (ahora 1 toma dark....

), con lo que puedes tener bajo ruido en las tomas de luz, pero en cuanto le restes la del dark, que tiene mucho ruido por ser pocas tomas, pues todo tu trabajo se evapora.
M42 es muy difícil sacar bien. Tendrás que hacer varias tomas de distinta duración: algunas breves para no quemar el trapecio, y otras mas contundentes para sacar el resto. Yo suelo escalonar la duración de forma progresiva, para que al procesar no tenga saltos bruscos en los gradientes.
En cualquier caso, enhorabuena porque a ese tubo le tengo mucho cariño y es majísimo.