Lo he usado mucho pero no para astronomía.
ImageJ es la versión Java de
NIH (acrónimo de National Health Institute), otro programa de análisis de imagen.
NIH originalmente era un programa para Macs pero la empresa Scion lo adapto para ofrecerlo con sus tarjetas capturadoras de imagen y video y lo preparó para trabajar bajo windows,
Scion Imaging Software . A partir de NIH se desarrollaron ImageJ y Scion Imaging Software
Son programas muy potentes. Realizan análisis de imagen y permiten crear scripts dedicados. Son abiertos y cualquiera puede crear aplicaciones.
Lo usaba para varias tareas de análisis de imagen, desde contaje y medidas automáticas de partículas y trabéculas hasta reconstrucciones 3D basadas en imagenes seriadas.
Trabajan con imágenes de 8 bits.
ImageJ Java, multiplataforma
http://rsbweb.nih.gov/ij/Scion Imaging Software para Windows
http://www.scioncorp.com/NIH para MacIntosh
http://rsb.info.nih.gov/nih-image/